发生结石的因素很复杂，确切原因至今不清。现实中可以发现绝大多数结石患者并没有补过钙，而适当补钙者也并非更多发生结石。之所以发生结石的原因并非因为钙太多。
肾结石多见于草酸盐结石，尿中草酸盐过饱和，是发生肾结石的重要危险因素，同样，胆结石大部分是胆固醇结石，其形成的基础为胆汁中胆固醇、胆汁酸以及卵磷脂等成分的比例失调，导致胆汁中的胆固醇呈过饱和状态而发生成晶、析出、结聚、成石。如果以上诱发结石的危险因素存在，同时又有人体内钙代谢发生紊乱，会造成不正常的“钙搬家”。当这种紊乱发生时，骨钙在减少，血钙和器官组织中的钙却增加了，在器官组织中钙过多会造成结石。
所以，补钙与肾结石和胆结石的形成没有必然联系。相反，通过适量补钙能刺激血钙的自稳系统，抑制甲状旁腺的过量分泌，最终可降低血液和器官组织中的钙含量，减少结石的发生。一项大规模的前瞻性研究已证实:高钙摄入能降低草酸盐分泌，使尿中草酸盐含量下降，从而降低肾结石风险,故补钙不会增加肾结石危险，反而有助于防止草酸钙结石形成。
